色譜是一種分離分析手段，分離是核心，因此擔負分離作用的色譜柱是色譜系統的心臟。對色譜柱的要求是柱效高、選擇性好，分析速度快等。

要選擇色譜柱，先需要確定要使用的是填充柱還是毛細管柱。

填充柱比毛細管柱具有更高的樣品容量，盡管這一差距由于 HP 發明了大孔 530mm 毛細管而大大縮小，檢測器靈敏度的改進也減少了對大劑量樣品的需要。填充柱的優勢領域是氣體樣品的分析。

對于幾乎所有的其他樣品，毛細管柱具有高很多的效率（窄峰），這可以大大改進峰分離。實際上，分離能力很大，以于許多分析物在很簡單的分析中使用非常短的色譜柱就可以完成分離了。節省的時間可以直接轉化為循環時間的縮短和樣品通量的增加。因此，對于新的或更新的方法，如果沒有非常具有說服力的理由使用填充柱的話，一般推薦使用毛細管柱。